Gedung GKJ Pakem ini adalah gedung yang dipugar dan diresmikan pada 21 Desember 1986 atas sumbangan dari Bpk. Radius Prawiro. Gereja ini menjadi tempat bernaungnya jemaat Kristen di sekitar Pakem, Cangkringan, Ngemplak dan Turi. Sebelumnya gereja ini di bangun secara gotong royong oleh jemaat pada tahun 1959. Jemaat mula-mula GKJ Pakem  terbentuk berawal dari Guru Injil Zending Kisan R. Rekso Atmojo yang pindah ke pakem dan mulai bersekutu dengan beberapa orang yang kemudian berkembang dengan adanya warga Kristen di sanatorium Panti Asih. Seiring dengan berjalannya waktu jemaat semakin bertumbuh dan berkembang dan menjadi dewasa pada tanggal 21 Oktober 1945 bersamaan dengan diteguhkannya empat orang tua-tua dan diaken.

Pendeta pertama GKJ Pakem adalah Pdt. Rekso Subroto yang ditahbiskan pada tahun 1955. Beliau tidak lama melayani di GKJ Pakem karena kemudian pindah ke Bandung pada tahun 1963, sampai tahun 1980 GKJ Pakem baru memanggil kembali pendeta dalam diri Pdt. Suroso Putro dan ditahbiskan pada tanggal 5 Juni 1980, kemudian setelah emiritus GKJ Pakem memanggil Pdt Esti Widiastuti S.Th, M.Min dan ditahbiskan pada tanggal 27 Desember 2001 sampai saat ini. Selain gedung gereja diatas, GKJ Pakem memiliki 3 rumah ibadah di Panti Asih, Hargobinangun Pakem yang merupakan peninggalan Zending Belanda, di Selorejo, Wukirsari, Cangkringan dan di Tanen, Hargobinangun Pakem. GKJ Pakem juga terbagi dalam 8 kelompok PA, pembagian kelompok ini berdasarkan domisili warga jemaat. Ibadah dilayankan empat kali di empat tempat ibadah dengan waktu yang berbeda.

Memasuki usia yang ke sembilan windu GKJ Pakem terus bertumbuh, berakar dan berharap akan menghasilkan buah. Dengan visi “Terwujudnya jemaat yang memiliki kepribadian Kristen dengan mengutamakan keharmonisan dan keterbukaan untuk membangun kemandirian jemaat” GKJ Pakem mencoba mewujudkannya dalam ke-13 misi sebagai berikut :

1. Mewujudkan jemaat GKJ Pakem damai sejahtera lahir dan batin berdasarkan terang Alkitab
2. Mengembangkan tata ibadah yang kreatif dan dinamis
3. Meningkatkan persekutuan jemaat melalui kegiatan non ibadah minggu
4. Meningkatkan perhatian gereja terhadap jemaat yang memerlukan perhatian khusus
5. Merealisasikan regenerasi kepemimpinan gereja
6. Mewujudkan GKJ Pakem menjadi gereja yang maju dan modern, memiliki tatakelola yang baik dan didukung IT.
7. Revitalisasi, optimalisasi, dan peningkatan aset gereja untuk mendukung pelayanan
8. Mewujudkan jemaat cinta budaya dan peduli keselamatan lingkungan.
9. Mewujudkan jemaat yang tangguh dan sadar bencana yang  berkeadilan sosial serta peduli dan menjadi saluran berkat bagi sesama.
10. Meningkatkan ekonomi jemaat menuju jemaat yang sejahtera dan sadar berpersembahan
11. Mewartakan kabar kesukaan bagi masyarakat luas
12. Membangun kerjasama  dengan lembaga sosial kemasyarakatan dan lembaga gereja lain.
13. Menumbuhkembangkan solidaritas dan kemitraan dalam masyarakat majemuk.

Visi dan misi tersebut coba diwujud nyatakan dalam berbagai bidang pelayanan yang terus di perbarui sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan zaman. Bidang pelayanan tersebut adalah :

1. Bidang Verifikasi (Tim verifikasi)
2. Bidang Penatalayanan dan Sarana Prasarana (Komisi Sarana dan Prasarana, Panitia Pembangunan dan Tim Pengembang
3. Bidang Keesaan dan Peribadatan (Komisi Ibadah, Tim Pastoral dan Panitia Hari Besar)
4. Bidang Kesaksian dan Pelayanan (Komisi Komunikasi Massa, PAK, Pangruktilaya, Beasiswa, Kesehatan, Tim PEJ, Perkunjungan dan PRB
5. Bidang Pembinaan Warga Gereja (Komisi Anak, Remaja, Pemuda, Dewasa dan Adiyuswo)